qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
更新時(shí)間：2021-04-15 點(diǎn)擊次數(shù)：4864
qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
- 從拭子和體液中分離細(xì)菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優(yōu)化的機(jī)械和化學(xué)細(xì)胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風(fēng)險(xiǎn)
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對(duì)宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測(cè)序分析中細(xì)菌DNA的覆蓋率，并可以進(jìn)行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個(gè)基因組shot彈槍測(cè)序研究。
- 脫氧核糖核酸
- 無細(xì)胞DNA8
- DNA清理16
- 基因組DNA65歲
- 微生物DNA28歲
- 質(zhì)粒DNA18歲
- 從拭子和體液中分離細(xì)菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優(yōu)化的機(jī)械和化學(xué)細(xì)胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風(fēng)險(xiǎn)
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對(duì)宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測(cè)序分析中細(xì)菌DNA的覆蓋率，并可以進(jìn)行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個(gè)基因組shot彈槍測(cè)序研究。
Purification procedure with integrated host DNA removal.
差異裂解和酶處理可在純化過程中去除宿主DNA，從而使細(xì)菌微生物組DNA富集。
表現(xiàn)
有效去除宿主DNA以進(jìn)行更深入的微生物組分析拭子和體液含有來自宿主人類或動(dòng)物細(xì)胞以及微生物細(xì)胞的DNA。在宏基因組學(xué)研究中，對(duì)總DNA進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)分離和分析，但是宿主人或動(dòng)物的DNA遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了微生物DNA，這會(huì)妨礙微生物組分析。實(shí)際上，人類微生物組計(jì)劃對(duì)不同樣本類型的整個(gè)元基因組shot彈槍測(cè)序的一個(gè)關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)是，多達(dá)99％的測(cè)序讀數(shù)對(duì)應(yīng)于人類基因組，因此多1％具有微生物性質(zhì)。與16S rDNA測(cè)序相反，整個(gè)元基因組shot彈槍測(cè)序可以為微生物組研究增加有價(jià)值的見解，例如毒力因子，抗生素抗性或代謝網(wǎng)絡(luò)的存在。因此，大程度地覆蓋微生物讀數(shù)可大大提高分析能力。去除宿主DNA可以增加測(cè)序?qū)嶒?yàn)中微生物讀數(shù)的覆蓋率。QIAamp DNA微生物組試劑盒通過宿主細(xì)胞的差異裂解和隨后的宿主DNA的酶切消化，有效地去除了宿主DNA。然后，通過機(jī)械和化學(xué)裂解的組合，完整的細(xì)胞被有效裂解，釋放的細(xì)菌DNA使用成熟的QIAamp化學(xué)試劑和去污染的QIAamp UCP離心柱進(jìn)行純化（請(qǐng)參見去除宿主DNA的純化程序）。在整個(gè)基因組shot彈槍測(cè)序?qū)嶒?yàn)中提高細(xì)菌DNA的分辨率 在整個(gè)元基因組shot彈槍測(cè)序?qū)嶒?yàn)中，歸因于宿主基因組的讀段所占的百分比很高，即使使用復(fù)雜的生物信息學(xué)工具，正確組裝微生物數(shù)據(jù)集也既耗時(shí)又耗費(fèi)資源。通過去除樣品中的宿主DNA，QIAamp DNA微生物組試劑盒為樣品提供了豐富的細(xì)菌成分，可用于整個(gè)元基因組shot彈槍測(cè)序。對(duì)從人頰拭子分離的DNA進(jìn)行了完整的基因組shot彈槍測(cè)序?qū)嶒?yàn)的讀數(shù)比較，在該樣品中使用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他2家供應(yīng)商的溶液制備了樣品。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒制備的樣品測(cè)序?qū)е碌娜祟愖x數(shù)少于5％，與不包括去除宿主DNA的試劑盒的讀數(shù)超過90％和使用試劑盒的35％相比，讀數(shù)大大降低。在第二個(gè)實(shí)驗(yàn)中，樣品中摻入了已知的培養(yǎng)細(xì)菌。與未去除宿主DNA的溶液相比，細(xì)菌DNA的回收率更高。有效去除宿主DNA可增強(qiáng)整個(gè)基因組gen彈槍的測(cè)序結(jié)果（）。
改進(jìn)的16S rDNA測(cè)序擴(kuò)增
16S rDNA測(cè)序通常用于確定相對(duì)微生物群落組成。與其他3種純化試劑盒相比，QIAamp DNA微生物組試劑盒可有效地?cái)U(kuò)增從口腔拭子純化的DNA的V4區(qū)（請(qǐng)參見圖16S rDNA的高效擴(kuò)增和測(cè)序）。用QIAamp DNA微生物組試劑盒純化的2個(gè)樣品中擴(kuò)增的V4區(qū)的測(cè)序結(jié)果也顯示了代表人類口腔微生物組的預(yù)期細(xì)菌組成。
優(yōu)化的細(xì)胞裂解可大程度地減少樣品制備的偏差。細(xì)胞壁形態(tài)的差異使微生物對(duì)不同的裂解方法具有不同的敏感性。例如，具有豐富的脂質(zhì)和多糖的細(xì)胞壁厚的細(xì)菌在通過酶促裂解制備的樣品中往往代表性不足。結(jié)果是，任何一種裂解方法都會(huì)在微生物組的表示形式和相對(duì)組成中引入偏差。QIAamp DNA微生物組試劑盒結(jié)合了化學(xué)裂解法和機(jī)械裂解法，并進(jìn)行了優(yōu)化，以大程度減少樣品制備過程中引入的偏差。此外，QIAamp DNA微生物組試劑盒中提供的超凈生產(chǎn)（UCP）旋轉(zhuǎn)柱經(jīng)過專有的清潔工藝，可大程度地減少污染的風(fēng)險(xiǎn)。為了檢查樣品制備的偏倚，從培養(yǎng)物中創(chuàng)建了具有已知數(shù)量的6種不同細(xì)菌的菌落形成單位（CFU）的模型微生物組。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒或其他試劑盒準(zhǔn)備了模型微生物組的樣品進(jìn)行測(cè)序。與使用的所有其他方法相比，使用QIAamp DNA微生物組試劑盒處理的樣品表現(xiàn)出了模型微生物組組成的佳整體表現(xiàn)（請(qǐng)參見最小樣品制備偏差）。 原則
QIAamp DNA微生物組試劑盒是用于微生物組分析的*樣品制備解決方案，因?yàn)樗梢杂行乃拗鱀NA，同時(shí)大程度減少混合樣品中細(xì)菌群落組成的偏差。結(jié)果是細(xì)菌DNA的富集，從而具有更高的覆蓋范圍和更深的分析能力。許多功能有助于實(shí)現(xiàn)此結(jié)果。首先，QIAamp DNA微生物組試劑盒使用超凈生產(chǎn)（UCP）旋轉(zhuǎn)柱，該柱經(jīng)過專有的去污工藝以降低樣品污染的風(fēng)險(xiǎn)。其次，QIAamp DNA Microbiome Kit的方案旨在在細(xì)菌細(xì)胞裂解之前以酶促方式消耗宿主DNA。第三，
程序
QIAamp DNA微生物組試劑盒使用了與其他QIAamp試劑盒相同的經(jīng)過驗(yàn)證的旋轉(zhuǎn)柱技術(shù)，并帶有經(jīng)修改的規(guī)程，旨在均勻地富集樣品中細(xì)菌微生物組DNA的含量。首先輕輕溶解宿主細(xì)胞，使細(xì)菌細(xì)胞完整無損。然后，釋放的宿主DNA被酶降解。機(jī)械和化學(xué)裂解的優(yōu)化組合用于隨后破壞細(xì)菌細(xì)胞，精心設(shè)計(jì)的緩沖液化學(xué)作用可促進(jìn)釋放的DNA與二氧化硅膜的結(jié)合。最后，在洗掉不需要的成分后，細(xì)菌微生物組DNA從色譜柱上洗脫下來（請(qǐng)參見純化去除宿主DNA的純化程序）。
應(yīng)用領(lǐng)域
QIAamp DNA微生物組試劑盒可從混合樣品中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA，用于敏感的下游應(yīng)用，例如：
- 全基因組測(cè)序分析
- 高度靈敏的基于16S rDNA的微生物組分析
- 元基因組shot彈槍測(cè)序研究
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